Cơ bắp cũng có trữ lượng lớn một loại carbohydrate phức tạp gọi là glycogen . Glycogen là một chuỗi các phân tử glucose. Một tế bào phân tách glycogen thành glucose. Sau đó, tế bào sử dụng quá trình trao đổi chất kỵ khí (kỵ khí có nghĩa là "không có oxy") để tạo ra ATP và một sản phẩm phụ gọi là axit lactic từ glucose.
About 12 chemical reactions take place to make ATP under this process, so it supplies ATP at a slower rate than the phosphagen system. The system can still act rapidly and produce enough ATP to last about 90 seconds. This system does not need oxygen, which is handy because it takes the heart and lungs some time to get their act together. It is also handy because the rapidly contracting muscle squeezes off its own blood vessels, depriving itself of oxygen-rich blood.
There is a definite limit to anaerobic respiration because of the lactic acid. The acid is what makes your muscles hurt. Lactic acid builds up in the muscle tissue and causes the fatigue and soreness you feel in your exercising muscles.
